Nach abgeschlossenem Medizinstudium 1985 an der Universität Zürich arbeitete Prof. Bernays 2 Jahre als wissenschaftlicher Assistent am Institut für Hirnforschung unter Leitung von Prof. Cuénod und Prof. Streit, wo er unter anderem seine Doktorarbeit abschloss und an weiteren wissenschaftlichen Projekten mitwirkte. Von 1988-1991 arbeitete er als Assistenzarzt an der Neurologischen Klinik und im neurophysiologischen Labor des Kantonsspital St. Gallen unter Prof. Ketz sowie an der Neurochirurgischen Klinik des Kantonsspitals Aarau bei Prof. Probst. Es folgte ein Fellowship in der Neurochirurgie der University of California in Los Angeles bei Prof. Batzdorf und Prof. Becker und ein Assistenten-Jahr in der Unfallchirurgischen Klinik des Universitätsspitals Zürich bei Prof. Trentz.
1993 begann er die neurochirurgische Ausbildung am Universitätsspital Zürich bei Prof. Yonekawa, ab 1995 als Oberarzt. 2007 war er Research Fellow in Hypophysenchirurgie bei Prof. Laws am Health Science Center der University of Virginia in Charlottesville und bei Prof. Post am Mount Sinai Hospital in New York. Ab 2005 als Leitender Arzt, und ab 2007 als interimistischer Klinikdirektor übernahm er Führungsfunktionen in der Neurochirurgischen Klink des Universitätsspitals Zürich bis zur Gründung seiner neurochirurgischen Praxis in der Klinik Hirslanden 2012 und des Neurochirurgischen Zentrums Zürich 2020.